Available research topics:
Widok zawartości stron
Widok zawartości stron
Widok zawartości stron
Widok zawartości stron
Widok zawartości stron
Can you really make it alone? Phylogenomic deciphering of the evolution of asexual reproduction
Supervisor: dr hab. Łukasz Michalczyk, prof. UJ (l.michalczyk@uj.edu.pl)
Institute of Zoology and Biomedical Research
Background information:
The coexistence of sexual and asexual reproduction is a major conundrum in life sciences. While asexual reproduction offers clear advantages, such as avoiding the costs of producing males and reducing mating-related risks, theory and predicts and most observations confirm that sexual lineages should be more persistent due to the benefits of recombination and sexual selection. However, there are notable exceptions, ancient asexual lineages often termed as ‘evolutionary scandals’, such as bdelloid rotifers, oribatid mites or murrayid tardigrades, that challenge our understanding of evolution.
The main question to be addressed in the project:
Thus, the central question of this project is to understand why certain asexual lineages endure over geological time. Specifically, the project aims to investigate whether ancient asexuals have evolved compensatory genetic recombination mechanisms to counteract the loss of sexual reproduction.
Information on the methods/description of work:
To achieve its objectives, we will undertake a comprehensive comparative analysis of the genomic architecture of ancient and recent asexual tardigrade lineages. Recent advancements in genome sequencing techniques will facilitate the acquisition of tardigrade genomes from individual specimens, a substantial improvement over previous methodologies that required pooled samples of thousands of animals.
Additional information (e.g Special requirements from the student):
Documented experience with bioinformatics (preferably in genomics and/or transcriptomics) is strongly advantegous.
Place/name of potential foreign collaborator:
Wellcome Sanger Institute, Cambridge, UK/Prof. Mark Blaxter.
References:
[1] Brandt A. et al. (2021) Haplotype divergence supports long-term asexuality in the oribatid mite Oppiella nova. PNAS, 118: e2101485118. [https://doi.org/10.1073/pnas.2101485118]
[2] Laine V.N. et al. (2022) Genomic signature of sexual reproduction in the bdelloid rotifer Macrotrachella quadricornifera. Genetics, 220: iyab221. [https://doi.org/10.1093/genetics/iyab221]
[3] Vakrusheva O.A. et al. (2020) Genomic signatures of recombination in a natural population of the bdelloid rotifer Adineta vaga. Nature Communications, 11: 6421. [https://doi.org/10.1038/s41467-020-19614-y]
Widok zawartości stron
PhD Programme in Biology
Komunikat Dyrektora SDNŚiP z dnia 29.04.2024
o rekrutacji na program kształcenia (PK) PhD Programme in Biology
w Szkole Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych
na rok 2024/25
język kształcenia: angielski
Jeśli szukasz informacji na temat kształcenia w języku polskim sprawdź Program Kształcenia Biologia.
Program PhD Programme in Biology jest prowadzony w języku angielskim, stacjonarnie i trwa 8 semestrów.
Program obejmuje przedmioty reprezentujące różne dziedziny nauk biologicznych, w tym kształcenie w zakresie nowoczesnej metodologii oraz opanowanie umiejętności przydatnych w karierze akademickiej i pozaakademickiej. Wybór zajęć fakultatywnych oraz możliwość zaliczania przedmiotów oferowanych poza uczelnią zapewnia elastyczność i pomaga dostosować udział w zajęciach do indywidualnego planu badawczego doktoranta.
Każdy doktorant otrzymuje stypendium doktoranckie.
Doktoranci są rekrutowani do konkretnych tematów badawczych oferowanych przez członków wydziału. Niektóre z wymienionych poniżej konkursów odbywają się poza systemem IRK. Uprzejmie prosimy o przestrzeganie zasad rekrutacji opisanych w poszczególnych konkursach.
Każdego roku doktoranci i ich opiekunowie/promotorzy piszą indywidualny plan badań na dany rok. Na koniec czwartego semestru osiągnięcia doktorantów są oceniane przez komisję (ocena śródokresowa).
Prace doktorskie przygotowywane są pod kierunkiem pracowników naukowych Wydziału Biologii (członków Instytutu Botaniki, Instytutu Nauk o Środowisku lub Instytutu Zoologii i Badań Biomedycznych). Program kształcenia PhD Programme in Biology prowadzi do uzyskania stopnia naukowego doktora w dyscyplinie biologia. Więcej informacji o programie można znaleźć tutaj.
Zobacz również:
Strona internetowa Wydziału Biologii.
Podstrona programu PhD Programme in Biology.
Widok zawartości stron
Zagnieżdżone portlety
Widok zawartości stron
Jak aplikować?
- Sprawdź harmonogram rekrutacji.
- Zapoznaj się z zasadami i szczegółowymi warunkami rekrutacji.
- Zbierz wymagane dokumenty.
- Zgłoś się w Systemie Internetowej Rejestracji Kandydatów (IRK).
- szczegółowa instrukcja obsługi IRK,
- zwróć uwagę: w systemie IRK rejestracja może być widoczna dopiero w momencie rozpoczęcia przyjmowania zgłoszeń
- Przystąp do egzaminu.
- Dokonaj wpisu do Szkoły Doktorskiej.
Widok zawartości stron
Harmonogram rekrutacji
dla PK PhD Programme in Biology
I tura
- 21 maja 2024 – Otwarcie rejestracji w IRK
- 23 czerwca 2024 – Zamknięcie rejestracji w IRK
- 28 czerwca - 4 lipca 2024 – Egzaminy wstępne
- 4 lipca 2024 – Posiedzenie komisji
- 8 lipca 2024 – Ogłoszenie wyników
- 9-30 lipca 2024 – Wpisy do Szkoły Doktorskiej*
- 31 lipca 2024 – Wpisy do Szkoły Doktorskiej z listy rezerwowej*
*wpisy możliwe w dniach i godzinach pracy sekretariatów PK
Widok zawartości stron
Limit miejsc
-
I tura – 10 osób
Widok zawartości stron
Widok zawartości stron
Widok zawartości stron
Kontakt
Sekretariat Programu Kształcenia
mgr inż. Anna Stec
tel.: 12 664 6752
e-mail: wb.doktoranci@uj.edu.pl
Kierownik Programu Kształcenia
dr hab. Joanna Kapusta, prof. UJ
tel.: 12 664 5206
e-mail: joanna.kapusta@uj.edu.pl
Widok zawartości stron
Widok zawartości stron
Informacje przedstawione na tej podstronie dotyczą rekrutacji na rok akademicki 2024/25. Dokumenty takie jak: zasady rekrutacji, lista wymaganych dokumentów, program kształcenia i inne, mogą się zmienić w kolejnej rekrutacji. Większość dokumentów różni się dla poszczególnych programów kształcenia. Zawsze sprawdzaj dokumenty na podstronie programu, na który aplikujesz.