W oparciu o §7 ust. 1 i 3 uchwały nr 68/IX/2020 Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego z dnia 30 września 2020 roku w sprawie: zasad rekrutacji do Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych na Uniwersytecie Jagiellońskim w roku akademickim 2020/2021, Dyrektor Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych ogłasza konkurs dla 1 doktoranta ze stypendium finansowanym ze środków projektu badawczego (tzw. "Doktorat Wdrożeniowy") na program kształcenia Biologia.
W ramach projektu "Wybrane strategie terapii celujących w nowotwory z mutacją w genie SMARCA4” zaakceptowana przez Dyrektora komisja przeprowadzi rekrutację do projektu, która będzie podstawą do przyjęcia wybranego kandydata/tki na program kształcenia Biologia.
Kierownik projektu dr hab. Anna Ptak, prof. UJ oferuje możliwość zrealizowania doktoratu w temacie:„Wybrane strategie terapii celujących w nowotwory z mutacją w genie SMARCA4”
Po odbyciu rozmów i ocenie kandydatów, Przewodniczący komisji przedstawi Dyrektorowi protokół wskazujący kandydata rekomendowanego do przyjęcia do szkoły w ramach projektu badawczego.
Harmonogram konkursu:
- Otwarcie konkursu: 23.08.2021
- Termin przesyłania aplikacji: 30.08.2021
- Egzaminy wstępne: 2-3.09.2021
- Ogłoszenie wyników: 07.09.2021
- Wpisy: 08.09.2021
Szczegółowe warunki i tryb rekrutacji:
I. Warunki formalne
ubiegania się o przyjęcie na program kształcenia Biologia w Szkole Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych mogą zostać przyjęte osoby posiadające tytuł zawodowy magistra, magistra inżyniera albo równorzędny uzyskany na kierunku w dziedzinie nauk ścisłych i przyrodniczych.
W wyjątkowych przypadkach uwzględniających najwyższą jakość osiągnięć naukowych, o przyjęcie na program może ubiegać się również osoba, o której mowa w art. 186 ust. 2 ustawy, nieposiadająca tytułu magistra, będąca absolwentem studiów pierwszego stopnia lub studentem, który ukończył trzeci rok jednolitych studiów magisterskich, ale posiadająca status studenta na kierunku spośród wskazanych powyżej lub które ukończyły taki kierunek.
W celu potwierdzenia spełnienia warunku, o którym mowa w art. 186 ust. 2 ustawy, kandydat jest zobowiązany przedłożyć:
- dwie opinie potwierdzające wysoką jakość prowadzonych prac badawczych oraz wysoki stopień zaawansowania tych prac, wydanych przez opiekunów naukowych posiadających co najmniej stopień doktora habilitowanego lub będących pracownikami zagranicznej uczelni lub instytucji naukowej, którzy posiadają znaczące osiągnięcia w zakresie zagadnień naukowych związanych z programem kształcenia lub
- zaświadczenie o byciu beneficjentem programu MNiSW „Diamentowy Grant”.
O spełnieniu przez kandydata warunku, o którym mowa w art. 186 ust. 2 ustawy rozstrzyga dyrektor w uzgodnieniu z przewodniczącym komisji.
II. Kryteria kwalifikacji
O kolejności kandydatów na liście rankingowej decydować będzie wyrażona liczbowo suma punktów uzyskanych w wyniku przeprowadzonej kwalifikacji, ustalona w oparciu o trzy etapy:
1. Ustną prezentację projektu badawczego przedstawionego przez kandydata, ocenianą w skali 0 – 30 pkt.;
2. Rozmowę kwalifikacyjną oceniającą wiedzę z zakresu obszaru badawczego prezentowanego projektu, ocenianą w skali 0–50 pkt.;
3. Egzamin z języka angielskiego, ocenianego w skali 0–20 pkt.
III. Przebieg postępowania kwalifikacyjnego
Projekt badawczy związany tematycznie z planowanym doktoratem powinien zawierać: temat, krótkie wprowadzenie, cele badawcze, metodykę, oczekiwane wyniki. Projekt obejmuje maksymalnie 3–4 strony A4.
Kandydat będzie poproszony o 5-minutowe zaprezentowanie ustne przedłożonego projektu badawczego, a następnie zostanie z nim przeprowadzona rozmowa kwalifikacyjna z zakresu wiedzy obejmującej obszar badawczy jego projektu.
Zarówno prezentacja projektu jak i rozmowa prowadzone będą w języku polskim.
Egzamin z języka angielskiego przeprowadzany będzie przez zespół egzaminacyjny. Kandydat będzie oceniany według czterech kryteriów:
- Słownictwo + wymowa;
- Gramatyka;
- Płynność wypowiedzi;
- Interakcja.
W każdej z kategorii kandydat może otrzymać od 0 do 5 pkt.
Zasady obliczania wyniku kwalifikacji
Ostateczny wynik postępowania kwalifikacyjnego jest sumą punktów z trzech wyżej wymienionych etapów i jest liczbą z zakresu od 0 do 100.
IV. Wymagane dokumenty
- Dokumenty wymagane do potwierdzenia rejestracji
Dokumenty należy przesłać bezpośrednio do systemu IRK:
- potwierdzenie pracownika naukowego posiadającego tytuł naukowy profesora lub stopień naukowy doktora habilitowanego zatrudnionego w jednostce, w której realizowany jest program kształcenia o możliwości podjęcia współpracy naukowej w określonym zakresie w przypadku przyjęcia na ten program kształcenia do Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych (formularz do pobrania ze strony: strona programu);
- opinia dla kandydata od pracownika naukowego posiadającego co najmniej stopień naukowy doktora habilitowanego lub będącego pracownikiem zagranicznej uczelni lub instytucji naukowej, który posiada znaczące osiągnięcia w zakresie zagadnień naukowych związanych z dyscypliną nauk biologicznych;
- projekt badawczy związany tematycznie z planowanym doktoratem. Projekt powinien zawierać: temat, krótkie wprowadzenie, cele badawcze, metodykę, oczekiwane wyniki i obejmuje maksymalnie 3–4 strony A4.
- życiorys (CV) ze szczególnym uwzględnieniem osiągnięć naukowych;
- dokumenty potwierdzające osiągnięcia naukowe szczegółowo opisane w profilu kandydata i wyszczególnione w życiorysie, np. pierwsza strona artykułu;
- oświadczenie pracodawcy o zatrudnieniu doktoranta lub promesa zatrudnienia na czas realizacji doktoratu (podpisane przez prezesa/dyrektora lub osobę upoważnioną) wraz z informacją o kandydacie na opiekuna pomocniczego. Uwaga: Opiekunem pomocniczym, który pełni istotną funkcję w sprawowaniu opieki nad uczestnikiem studiów doktoranckich biorącym udział w programie doktorat wdrożeniowy w całym okresie studiów doktoranckich, może być osoba posiadająca: 1) stopień naukowy doktora lub 2) co najmniej pięcioletnie doświadczenie w prowadzeniu działalności badawczo-rozwojowej, lub 3) znaczące osiągnięcia w zakresie opracowania i wdrożenia w sferze gospodarczej lub społecznej oryginalnego rozwiązania projektowego, konstrukcyjnego, technologicznego lub artystycznego, o ponadlokalnym zakresie oraz trwałym i uniwersalnym charakterze.
Do każdego dokumentu wydanego w języku innym niż polski lub angielski kandydat jest zobowiązany załączyć poświadczone tłumaczenie na język polski lub angielski.
Ponadto, w przypadku kandydata, będącego absolwentem studiów pierwszego stopnia lub studentem, który ukończył trzeci rok jednolitych studiów magisterskich o którym mowa w art. 186 ust.2 ustawy:
a) dwie opinie pracowników naukowych, o których mowa w pkt b) potwierdzające wysoką jakość prowadzonych prac badawczych oraz wysoki stopień zaawansowania tych prac lub
b)zaświadczenie o byciu beneficjentem programu MNiSW „Diamentowy Grant”.
2. Dokumenty wymagane przy wpisie do Szkoły Doktorskiej:
a) oryginał podania IRK wygenerowanego z systemu, zawierającego fotografię,
b) kserokopia oraz oryginał do wglądu:
- dyplomu potwierdzającego posiadanie tytułu magistra, magistra inżyniera albo równorzędnego na kierunku spośród wskazanych w szczegółowych warunkach naboru lub
- dyplomu potwierdzającego ukończenie studiów pierwszego stopnia lub dokument potwierdzający ukończenie trzeciego roku jednolitych studiów magisterskich i potwierdzającego posiadanie statusu studenta na kierunku spośród wskazanych w szczegółowych warunkach naboru lub
- dokumentu ukończenia studiów za granicą, dającego w państwie jego wydania prawo podjęcia kształcenia w celu uzyskania stopnia doktora lub uznanego za równorzędny z odpowiednim polskim dyplomem dającym kwalifikacje ujęte w pkt. b)
c) jeżeli kandydatowi nie został jeszcze wydany taki dyplom w terminie wpisu, składa on zaświadczenie o ukończeniu takich studiów oraz pisemne zobowiązanie o dostarczeniu dyplomu ukończenia studiów wyższych uprawniających do podjęcia kształcenia w celu uzyskania stopnia doktora w wyznaczonym terminie;
d) kserokopia oraz oryginał do wglądu: suplementu do dyplomu lub oficjalny transkrypt ocen, a w przypadku ich braku indeks lub inny dokument zawierający nazwy kursów oraz otrzymane oceny;
e) do wglądu: dokument tożsamości lub paszport;
f) oryginały wszystkich pozostałych dokumentów dostarczonych na etapie rejestracji;
g) tłumaczenie poświadczone na język polski lub angielski do każdego składanego dokumentu, który został sporządzony w języku innym niż polski lub angielski.
Kandydaci posiadający dyplom ukończenia szkoły wyższej uzyskany poza granicami Polski zobowiązani są dostarczyć dodatkowo następujące dokumenty:
h) dyplom studiów wyższych uzyskany poza granicami Polski opatrzony apostille albo poddany legalizacji.
Ubezpieczenie:
Każdy doktorant, w tym cudzoziemiec, przyjęty do szkoły doktorskiej podlega obowiązkowo ubezpieczeniu zdrowotnemu, jeżeli nie podlega temu ubezpieczeniu z innego tytułu (np. stosunku pracy, umowy zlecenie, działalności gospodarczej, podlegania jako członek rodziny do 26. roku życia, jako współmałżonek osoby ubezpieczonej). Składkę z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego opłaca Uniwersytet Jagielloński i jest ona finansowana z budżetu państwa. Ponadto, doktorant pobierający stypendium doktoranckie podlega obowiązkowemu ubezpieczeniu emerytalnemu i rentowemu oraz wypadkowemu.
WAŻNE:
Osoba przyjęta do szkoły doktorskiej rozpoczyna kształcenie i nabywa prawa doktoranta z chwilą złożenia ślubowania. Dział Spraw Osobowych zgłasza każdego doktoranta przyjętego do Szkoły do obowiązkowego ubezpieczenia zdrowotnego i społecznego w momencie rozpoczęcia kształcenia, tj. najwcześniej od 1 października. Do tego czasu kandydat –cudzoziemiec zobowiązany jest pokryć indywidualnie koszty ubezpieczenia na czas podróży, leczenia, etc.
Opis projektu:
Poszukiwanie strategii pozwalającej na wybiórcze eliminowanie komórek nowotworowych, ma duże znaczenie dla podnoszenia skuteczności i bezpieczeństwa terapii onkologicznych. Jednym z nowatorskich podejść jest wykorzystanie zjawiska syntetycznej letalności bazujące na obserwacji, że jednoczesne mutacje niektórych par genów mogą prowadzić do śmierci komórki, podczas gdy uszkodzenie każdego osobno nie wywołuje efektu letalnego. Mutacje w genie SMARCA4 występują z wysoką częstotliwością i obejmują wiele typów nowotworów takich jak rak płuc, pierwotny rak drobnokomórkowy jajnika, rdzeniak czy chłoniak Burkitta. Pierwsze doniesienia mówiące o występowaniu zjawiska syntetycznej letalności pomiędzy mutacją typu utrata funkcji w genie SMARCA4, a zahamowanie ekspresji SMARCA2 pojawiły się w 2015 roku. Ze względu na to, że białka BRM i BRG-1 są homologami o bardzo podobnej budowie uzyskanie selektywność jest niezwykle trudne, ale konieczne do wyeliminowania raportowanych efektów toksycznych.
Celem projektu jest opracowanie strategii i technologii pozwalających na celowanie w nowotwory posiadające mutację w genie SMARCA4.
W pierwszej części projekt będzie się skupiał na opracowaniu metod, wyborze modeli oraz biologicznej walidacji, związków chemicznych o charakterze chimery ukierunkowanej na proteolizę celujących w białko BRM. W drugiej części projektu zaplanowane zadania odpowiedzą na pytanie czy farmakologiczna inhibicja kinaz zależnych od cyklin może również wywołać efekt syntetycznie letalny w komórkach z mutacją w białku BRG-1.
Okres realizacji: 4 lata (8 semestrów)
Profil Kandydata:
- Wykształcenie wyższe magisterskie, wymagane ukończenie z wyróżnieniem studiów drugiego stopnia o kierunku biologia.
- Minimum dwuletnie doświadczenie w firmie z sektora biotechnologicznego.
- Szeroka wiedza z tematyki terapii celowanych opartych na modelu syntetycznej letalności, w szczególności w nowotworach niosących mutację w genie SMARCA4, zdobyta w trakcie realizacji projektów w firmie z sektora biotechnologicznego.
- Udokumentowany dorobek naukowy: publikacje naukowe wydane w ostatnich 4 latach w czasopismach znajdujących się na liście czasopism punktowanych MNiSW oraz czynny udział w konferencjach naukowych.
- Udokumentowany udział w szkoleniach z zakresu analizy wyników badań Real Time PCR, obsługi programu Excel w stopniu zaawansowanym oraz zarządzania sobą w czasie i organizacji pracy.
- Doświadczenie w pracy ze związkami chemicznymi o charakterze chimery ukierunkowanej na proteolizę.
- Doświadczenie w projektowaniu oraz przeprowadzaniu eksperymentów in vitro w modelu hodowli komórkowych 2D oraz 3D z wykorzystaniem małocząsteczkowych inhibitorów kinaz zależnych od cyklin.
- Doświadczenie w opracowywaniu kaskady badań przesiewowych z wykorzystaniem metod wysokoprzepustowych w firmie z sektora biotechnologicznego.
- Teoretyczna i techniczna znajomość metod laboratoryjnych: Elektroforeza, Western blot, CETSA, ELISA, Alphalisa, FRET, qPCR, cytometria przepływowa, prowadzenie hodowli komórkowej, tworzenie linii izogenicznych oraz reporterowych, komórkowe testy żywotnościowe 2D i 3D, komórkowe testy badające apoptozę, biochemiczne testy określające potencjał cząsteczek do tworzenia kompleksu z ligazą E3, metody inżynierii komórkowej (transfekcja, CRISPR/Cas9, lentiwirusy), metody analityczne określające wnikanie związków do komórek.
- Biegłość w analizowaniu danych biologicznych z wykorzystywaniem specjalistycznych programów takich jak GraphPad Prism oraz baz danych takich jak DepMap czy cBioPortal.
- Samodzielne proponowanie i rozwijanie nowych metod badawczych służących do analizy związków chemicznych.
- Znajomość języka angielskiego na poziomie minimum B2.
