Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Biofizyka [więcej informacji]

>> Program Kształcenia Biofizyka <<

Biofizyka to interdyscyplinarny kierunek kształcenia, łączący elementy z pogranicza fizyki, biologii i inżynierii materiałowej po to, by jak najlepiej poznać procesy fizyczne zachodzące zarówno na poziomie molekularnym jak i na granicach międzyfazowych pomiędzy biomolekułami a otaczającym je środowiskiem. Dlatego program kształcenia ‘Biofizyka’ realizowany na Wydziale WFAiIS dedykowany jest ambitnym, dociekliwym młodym badaczom, którzy nie boją się wyzwań i są otwarci na poszukiwanie nowych rozwiązań, także poza swoją dziedziną.

Doktoranci mają możliwość uczestniczenia w realizacji różnorodnych projektów badawczych w jednej z wielu grup badawczych aktywnych na polu biofizyki. Do ich dyspozycji jest szeroki wachlarz nowoczesnych technik eksperymentalnych, takich jak  mikroskopia sił atomowych, NMR, spektrometria masowa, spektroskopia impedancyjna, fluorescencyjna, ramanowska, szczypce optyczne czy patch-calmping. Mogą też realizować projekty teoretyczne, modelując procesy biologiczne za pomocą zaawansowanych metod obliczeniowych. Dzięki temu program kształcenia ‘Biofizyka’ stwarza realną możliwość interdyscyplinarnego podejścia do zagadnień badawczych i otrzymania wyników, które nie tylko pozwolą uzyskać stopień doktora ale także znajdą zastosowanie w medycynie, diagnostyce czy produkcji biomateriałów.

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Biofizyka (19.08.2021)
Nanospektroskopowe badnie lokalnych zmian struktury DNA spowdowanych uszkodzeniami oksydacyjnymi i ich naprawą

W oparciu o §7 ust. 1 i 3 uchwały nr 5/I/2020 Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego z dnia 29 stycznia 2020 roku w sprawie: zasad rekrutacji do Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych na Uniwersytecie Jagiellońskim w roku akademickim 2020/2021, Dyrektor Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych ogłasza konkurs dla 1 doktoranta ze stypendium finansowanym ze środków projektu badawczego na program kształcenia Biofizyka.
 
W ramach projektu PERUDIUM BIS zaakceptowana przez Dyrektora komisja przeprowadzi rekrutację do projektu, która będzie podstawą do przyjęcia wybranego kandydata (-tki) na program kształcenia biofizyka.
 
Kierownik projektu dr hab. Ewelina Lipiec oferuje możliwość zrealizowania doktoratu w temacie:
„Nanospektroskopowe badnie lokalnych zmian struktury DNA spowdowanych uszkodzeniami oksydacyjnymi i ich naprawą”.
 
Szczegółowych informacji na temat projektu udziela kierownik projektu – dr hab. Ewelina Lipec (Ewelina.Lipiec@uj.edu.pl).
 
Streszczenie projektu stanowi załącznik do niniejszego ogłoszenia.
Po odbyciu rozmów i ocenie kandydatów, przewodniczący komisji przedstawi dyrektorowi protokół wskazujący kandydata(-ów) rekomendowanego(-ych) do przyjęcia do szkoły w ramach projektu.

Harmonogram konkursu:

  1. Otwarcie konkursu: 02.09.2021
  2. Termin przesyłania aplikacji: 18.09.2021
  3. Egzaminy wstępne: 20-22.09.2021
  4. Ogłoszenie wyników: 24.09.2021
  5. Wpisy: 27-28.09.2021
  6. Wpisy (lista rezerwowa): 30.09.2021

Szczegółowe warunki i tryb rekrutacji znajdują się pod linkiem.

Dokumenty aplikacyjne:

  • życiorys (cv)
  • kopia dyplomu magisterskiego (lub równoważnego)
  • zaświadczenie o średniej ocen z ukończonych studiów pierwszego stopnia oraz zaświadczenie o średniej ocen z pierwszego roku studiów drugiego stopnia (magisterskich) lub, w przypadku studiów jednolitych magisterskich, zaświadczenie o średniej ocen z wyłączeniem ostatniego roku studiów
  • list motywacyjny
  • kopie dokumentów potwierdzających kompetencje i osiągnięcia naukowe.
Prosimy o przesyłanie dokumentów aplikacyjnych na adres mailowy do Kierownika Projektu Ewelina.Lipiec@uj.edu.pl oraz umieszczenie ich w elektronicznym systemie IRK (irk.uj.edu.pl).
 

Dokumenty wymagane przy wpisie na program kształcenia biofizyka: 

  • podpisane i wydrukowane podanie IRK o przyjęcie na program kształcenia w Szkole Doktorskiej;
  • kopia: dyplom potwierdzający kwalifikacje drugiego stopnia lub inny dokument ukończenia uczelni za granicą uprawniający do podjęcia studiów trzeciego stopnia w państwie, w którym został wydany lub uznany za równoważny z odpowiednim polskim dyplomem ukończenia studiów drugiego stopnia lub jednolitych studiów magisterskich, a w przypadku, gdy w terminie rejestracji kandydat nie posiada jeszcze dokumentu tego dyplomu – wydane przez uczelnię zaświadczenie potwierdzające zdanie egzaminu dyplomowego z podanymi ocenami z egzaminu dyplomowego, z pracy dyplomowej oraz na dyplomie, zawierające informację o uprawnieniu do podjęcia studiów trzeciego stopnia w państwie, w którego systemie działa ta uczelnia (dla absolwentów studiów drugiego stopnia także zaświadczenie zawierające te oceny z ukończonych studiów pierwszego stopnia),
  • kopia: suplement do dyplomu lub oficjalny transkrypt ocen, a w przypadku ich braku indeks lub inny dokument zawierający nazwy kursów oraz otrzymane oceny (którego skan został przesłany na etapie rejestracji),
  • kopie innych dokumentów potwierdzających kompetencje i osiągnięcia naukowe,
  • do wglądu: dokument tożsamości oraz oryginały wszystkich dokumentów przesyłanych na etapie rejestracji
W przypadku narażenia na działanie czynników szkodliwych, uciążliwych lub niebezpiecznych dla zdrowia, kandydat w momencie wpisu otrzymuje skierowanie na badania lekarskie przeprowadzane przez lekarza medycyny pracy. Kandydat jest zobowiązany do dostarczenia w wyznaczonym przez kierownika programu terminie zaświadczenia lekarskiego o braku przeciwwskazań do podjęcia kształcenia (dotyczy tylko wybranych programów kształcenia).
 
Dyplomy ukończenia studiów wyższych uzyskane za granicą powinny być:
  1. opatrzone apostille, gdy kraj wydający dokument jest objęty Konwencją znoszącą wymóg legalizacji zagranicznych dokumentów urzędowych, sporządzoną w Hadze 5 października 1961 r. (Dz. U. z 2005 r. Nr 112, poz. 938) lub
  2. poddane legalizacji, w pozostałych przypadkach.
 
Do każdego dokumentu wydanego w języku innym niż polski lub angielski kandydat jest zobowiązany załączyć poświadczone tłumaczenie na język polski lub angielski.

Ubezpieczenie:

Każdy doktorant, w tym cudzoziemiec, przyjęty do szkoły doktorskiej podlega obowiązkowo ubezpieczeniu zdrowotnemu, jeżeli nie podlega temu ubezpieczeniu z innego tytułu (np. stosunku pracy, umowy zlecenie, działalności gospodarczej, podlegania jako członek rodziny do 26. roku życia, jako współmałżonek osoby ubezpieczonej). Składkę z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego opłaca Uniwersytet Jagielloński i jest ona finansowana z budżetu państwa. Ponadto, doktorant pobierający stypendium doktoranckie podlega obowiązkowemu ubezpieczeniu emerytalnemu i rentowemu oraz wypadkowemu.

WAŻNE:

Osoba przyjęta do szkoły doktorskiej rozpoczyna kształcenie i nabywa prawa doktoranta z chwilą złożenia ślubowania. Dział Spraw Osobowych zgłasza każdego doktoranta przyjętego do Szkoły do obowiązkowego ubezpieczenia zdrowotnego i społecznego w momencie rozpoczęcia kształcenia. Do tego czasu kandydat – cudzoziemiec zobowiązany jest pokryć indywidualnie koszty ubezpieczenia na czas podróży, leczenia, etc.

Streszczenie projektu:

W ciągu zaledwie jednego dnia DNA pojedynczej komórki może zostać uszkodzone nawet kilkadziesiąt tysięcy razy. Na szczególna uwagę zasługują uszkodzenia oksydacyjne (powodowane przez reaktywne formy tlenu, głównie rodniki hydroksylowe) powstałe w wyniku stresu oksydacyjnego, który ma znacznie w wielu chorobach cywilizacyjnych takich jak miażdżyca, choroba Alzheimera czy Parkinsona. W wyniku uszkodzeń DNA: 1) struktura chemiczna zasad purynowych i pirymidynowych może ulec zmianie, ii) tworzą się wiązania kowalencyjne pomiędzy sąsiednimi zasadami tzw. dimery pirymidynowy, iii) wiązania grup fosforanowych w szkielecie DNA mogą ulegać przerwaniu, co prowadzi do pęknięć jednej lub obu nici kwasu nukleinowego. Najbardziej niebezpieczne dla komórek są przerwania obu nici podwójnej helisy DNA (ang. DSBs Double Strand Breaks). Nienaprawione lub niewłaściwie naprawione DSBs mogą prowadzić nawet do śmierci komórkowej. Istnieje wiele mechanizmów naprawy uszkodzeń DNA. 
 
Mimo, iż białka uczestniczące w naprawie uszkodzeń DNA są dobrze poznane, to wiedza dotycząca wielu podstawowych aspektów naprawy DNA wciąż nie jest kompletna. Z powodu ograniczeń metodologicznych bezpośrednia weryfikacja struktur i orientacji kompleksów białek naprawczych z DNA nie była możliwa. Dotychczas również postulowane lokalne zmiany konformacji DNA wywołane uszkodzeniami i naprawą nie zostały zbadane. Zmiany konformacji DNA wpływają na jego reaktywność chemiczną i determinują przyłączanie się białek naprawczych. DNA wraz z tzw. białkami histonowymi tworzy chromatynę. Struktura chromatyny ma duży wpływ na indukcje lokalnych zmian konformacji DNA pod wpływem uszkodzeń. 
 
W ramach realizacji niniejszego projektu planuje się odpowiedzieć na podstawowe pytania, które dotyczą wpływu struktury chromatyny i konformacji DNA na indukcje uszkodzeń i ich naprawę. Będzie to możliwe dzięki zastosowaniu niezwykle czułej techniki analitycznej jaką jest spektroskopia Ramana wzmocniona na ostrzu sondy skanującej (ang. Tip-enhanced Raman spectroscopy TERS). Metoda ta stanowi unikatowe połączenie nanometrycznej zdolności rozdzielczej typowej dla mikroskopii sił atomowych, oraz selektywności chemicznej spektroskopii Ramana. TERS umożliwi obrazowanie DNA i białek naprawczych oraz zbadanie ich struktury chemicznej i konformacji. Planuje się także bezpośrednie monitorowanie lokalnych zmian konformacji DNA po indukcji uszkodzeń oksydacyjnych i interakcji z białkami naprawczymi, takimi jak ligaza DNA IV i MutS. Badania w nanoskali pozwolą na analizę lokalnych zmian struktury chemicznej pojedynczych cząsteczek DNA i rekonstruowanej chromatyny. Integralną częścią niniejszego projektu jest implementacja techniki TERS w warunkach imitujących fizjologiczne (bufor). 
 
Dodatkowo planuje się także zastosowanie spektroskopii Ramana i w zakresie podczerwieni do detekcji uszkodzeń DNA w komórkach oraz badanie odpowiedzi komórkowej wywołanej oksydacyjnymi uszkodzeniami DNA. Spektroskopia w zakresie podczerwieni umożliwi detekcję zmian składu chemicznego i struktury bio-cząsteczek w odpowiedzi na oksydacyjne uszkodzenia DNA w żywych komórkach oraz w izolowanych jądrach komórkowych. Spodziewamy się zaobserwować zmian w widmach w zakresie podczerwieni związanych z ekspresją białek naprawczych (wzrost intensywności pasm amidowych) oraz ze zmianami konformacji DNA (przesunięcia pasm pochodzących od grup fosforanowych szkieletu DNA). 
 
Proponowany projekt obejmuje analizę chemiczną w nanoskali na poziomie pojedynczych nici DNA i chromatyny, a także mikrospektroskopowe badania złożonych próbek takich jak chromosomy, jądra komórkowe i komórki. Metody obrazowania i metody analityczne zostały dobrane tak, aby uzyskać nowe, a zarazem komplementarne informacje o roli lokalnych zmian konformacji DNA w powstawaniu uszkodzeń DNA i ich naprawy. Integralną częścią projektu jest jednoczesna wielowymiarowa analiza otrzymanych danych, która pozwoli na porównanie widm otrzymanych w nano- oraz mikroskali. 
 
Projekt obejmuje optymalizację technik eksperymentalnych w szczególności techniki TERS do pomiarów w cieczy. Optymalizacja ta znajdzie zastosowanie w badaniach wielu delikatnych układów biologicznych takich jak agregujące neurodegeneracyjne białka, przyłączanie się leków chemoterapeutycznych do DNA czy powstawanie domen w cienkich warstwach lipidowych pod wpływem oddziaływania z białkami błonowymi.
Polecamy również
Biofizyczne czynniki ograniczające precyzję powstawania wzoru w trakcie rozwoju tkanki (dr Marcin Zagórski)

Biofizyczne czynniki ograniczające precyzję powstawania wzoru w trakcie rozwoju tkanki (dr Marcin Zagórski)

<font color=red>Biofizyka</font> (12.08.2021)<br /> Badania strukturalne białek w wysokich ciśnieniach na linii SOLCRYS w Narodowym Centrum Promieniowania Synchrotronowego SOLARIS

Biofizyka (12.08.2021)
Badania strukturalne białek w wysokich ciśnieniach na linii SOLCRYS w Narodowym Centrum Promieniowania Synchrotronowego SOLARIS