Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Pomiń baner

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Struktura, biochemia, fizjologia i ewolucja bakteryjnych α2-makroglobulin z ludzkich periodontopatogenów Porphyromonas gingivalis i Tannerella forsythia (Opiekun: Mirosław Książek)

Struktura, biochemia, fizjologia i ewolucja bakteryjnych α2-makroglobulin z ludzkich periodontopatogenów Porphyromonas gingivalis i Tannerella forsythia (Opiekun: Mirosław Książek)

Ogłoszenie o naborze

W oparciu o §7 ust. 1 i 3 uchwały nr 91/IX/2021 Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego z dnia 29 września 2021 roku w sprawie: zasad rekrutacji do Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych na Uniwersytecie Jagiellońskim w roku akademickim 2022/2023, Dyrektor Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych ogłasza konkurs dla jednego doktoranta ze stypendium finansowanym ze środków projektu badawczego na program kształcenia Biochemia, biofizyka, biologia molekularna i biotechnologia.

W ramach projektu Sonata Bis 11 finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki zatytułowanego „Struktura, biochemia, fizjologia i ewolucja bakteryjnych α2-makroglobulin z ludzkich periodontopatogenów Porphyromonas gingivalis i Tannerella forsythia” zaakceptowana przez Dyrektora komisja przeprowadzi rekrutację do projektu, która będzie podstawą do przyjęcia wybranego kandydata na program kształcenia Biochemia, biofizyka, biologia molekularna i biotechnologia.

Kierownik projektu dr Mirosław Książek i Zakład Mikrobiologii oferuje możliwość zrealizowania doktoratu w temacie biochemicznej, strukturalnej i funkcjonalnej charakterystyki bakteryjnych α2-makroglobulin pochodzących z ludzkich patogenów. W projekcie stosowane są techniki z zakresu biochemii, biologii strukturalnej i mikrobiologii, takie jak kriogeniczna mikroskopia elektronowa, krystalografia rentgenowska, cytometria przepływowa czy też kinetyczna charakterystyka hamowania proteaz przez inhibitory.

Po odbyciu rozmów i ocenie kandydatów, przewodniczący komisji przedstawi dyrektorowi protokół wskazujący kandydata(-ów) rekomendowanego(-ych) do przyjęcia do szkoły w ramach projektu badawczego.

Opis projektu:

Głównym celem proponowanego projektu jest nie tylko dokładne biochemiczne i strukturalne opisanie mechanizmu hamownia proteaz wykorzystywanego przez inhibitory z rodziny α2-makroglobulin (A2M) produkowanych przez dwa ludzkie periodontopatogeny: Porphyromonas gingivalis, PgA2M i Tannerella forsythia, TfA2M, ale również opisanie roli tych A2M w wirulencji tych bakterii.

W czasie trwania projektu, TfA2M i PgA2M otrzymamy jako białka rekombinowane przy użyciu bakteryjnego systemu ekspresji. Najpierw zidentyfikujemy proteazy, zarówno ludzkie, jak i endogenne, hamowane przez badane A2M i szczegółowo scharakteryzujemy biochemicznie proces hamowania. Aby to osiągnąć, określimy stechiometrię hamowania (SI), czyli liczbę cząsteczek A2M potrzebną do zahamowania jednej cząsteczki aktywnej proteazy i stałą szybkości asocjacji (kass), parametr opisujący szybkość hamowania aktywności proteaz, określimy masa cząsteczkowa najmniejszego substratu białkowego, dla którego następuje inhibicja, oraz zbadamy tworzenie i chemiczny charakter kompleksów inhibitorowych, proteaza-A2M. Na tym etapie przeanalizujemy również elastyczność hamowania badanych A2M, poprzez wprowadzenie różnych zmian w A2M, tak aby poprawić właściwości hamujące. Po drugie, za pomocą krystalografii rentgenowskiej i kriogenicznej mikroskopii elektronowej (cryo-EM) rozwiążemy trójwymiarową strukturę A2M: natywnych i w kompleksie z hamowanymi proteazami. Na koniec opiszemy biologiczną rolę PgA2M i TfA2M. W tym celu sprawdzimy przy użyciu komórek P. gingivalis i T. forsythia: szczepu dzikiego i mutantów delecyjnych pozbawionych A2M, czy A2M chronią te patogeny przed zabiciem przez ludzkie komórki fagocytarne (neutrofile, makrofagi) i nabłonkowe. Zbadamy również, czy A2M poprzez hamowanie proteazy, dentilizyny, ograniczają zjadliwość innego periodontopatogenu, Treponema denticola.

Profil kandydata:

  • doświadczenie w biologii molekularnej (np. PCR, klonowanie molekularne, mutageneza) oraz pracy z komórkami bakteryjnymi (np. hodowanie ich, najlepiej, ale nie jest to konieczne, produkcja białek rekombinowanych) lub hodowanie i przeprowadzanie eksperymentów na komórkach eukariotycznych;
  • praktyczna lub przynajmniej akademicka (z praktycznych zajęć w trakcie studiów) znajomość podstawowych technik białkowych (np. SDS-PAGE, pomiar aktywności enzymatycznej, western blot);
  • dobra znajomość języka angielskiego.

Harmonogram konkursu:

  1. Otwarcie konkursu (rozpoczęcie przyjmowania zgłoszeń w IRK): 27.05.2022
  2. Termin przesyłania aplikacji (zakończenie przyjmowania zgłoszeń w IRK): 22.06.2022
  3. Egzaminy wstępne: 29.06-04.07.2022
  4. Ogłoszenie wyników: 11.07.2022
  5. Wpisy: 12.07-15.09.2022
  6. Wpisy (lista rezerwowa): 16-27.09.2022

Dokumenty aplikacyjne:

  • Życiorys.

Prosimy o przesyłanie dokumentów aplikacyjnych na adres mailowy do Kierownika Projektu, dr Mirosława Książka: miroslaw.ksiazek@uj.edu.pl oraz umieszczenie ich w elektronicznym systemie IRK (irk.uj.edu.pl).

Bezpośredni link do rekrutacji w systemie IRK

Dokumenty wymagane przy wpisie na program kształcenia Biochemia, biofizyka, biologia molekularna i biotechnologia:

  • podpisane wydrukowane podanie IRK o przyjęcie na program kształcenia w Szkole Doktorskiej;
  • kopia: dyplom potwierdzający kwalifikacje drugiego stopnia lub inny dokument ukończenia uczelni za granicą uprawniający do podjęcia studiów trzeciego stopnia w państwie, w którym został wydany lub uznany za równoważny z odpowiednim polskim dyplomem ukończenia studiów drugiego stopnia lub jednolitych studiów magisterskich, a w przypadku, gdy w terminie rejestracji kandydat nie posiada jeszcze dokumentu tego dyplomu – wydane przez uczelnię zaświadczenie potwierdzające zdanie egzaminu dyplomowego z podanymi ocenami z egzaminu dyplomowego, z pracy dyplomowej oraz na dyplomie, zawierające informację o uprawnieniu do podjęcia studiów trzeciego stopnia w państwie, w którego systemie działa ta uczelnia (dla absolwentów studiów drugiego stopnia także zaświadczenie zawierające te oceny z ukończonych studiów pierwszego stopnia),
  • kopia: suplement do dyplomu lub oficjalny transkrypt ocen, a w przypadku ich braku indeks lub inny dokument zawierający nazwy kursów oraz otrzymane oceny (którego skan został przesłany na etapie rejestracji),
  • do wglądu: oryginały wszystkich dokumentów przesyłanych na etapie rejestracji.

W przypadku narażenia na działanie czynników szkodliwych, uciążliwych lub niebezpiecznych dla zdrowia, kandydat w momencie wpisu otrzymuje skierowanie na badania lekarskie przeprowadzane przez lekarza medycyny pracy. Kandydat jest zobowiązany do dostarczenia w wyznaczonym przez kierownika programu terminie zaświadczenia lekarskiego o braku przeciwwskazań do podjęcia kształcenia (dotyczy tylko wybranych programów kształcenia).

Dyplomy ukończenia studiów wyższych uzyskane za granicą powinny być:

1. Opatrzone apostille, gdy kraj wydający dokument jest objęty Konwencją znoszącą wymóg legalizacji zagranicznych dokumentów urzędowych, sporządzoną w Hadze 5 października 1961 r. (Dz. U. z 2005 r. Nr 112, poz. 938) lub

2. Poddane legalizacji, w pozostałych przypadkach.

Do każdego dokumentu wydanego w języku innym niż polski lub angielski kandydat jest zobowiązany załączyć poświadczone tłumaczenie na język polski lub angielski.

Ubezpieczenie:

Każdy doktorant, w tym cudzoziemiec, przyjęty do szkoły doktorskiej podlega obowiązkowo ubezpieczeniu zdrowotnemu, jeżeli nie podlega temu ubezpieczeniu z innego tytułu (np. stosunku pracy, umowy zlecenie, działalności gospodarczej, podlegania jako członek rodziny do 26. roku życia, jako współmałżonek osoby ubezpieczonej). Składkę z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego opłaca Uniwersytet Jagielloński i jest ona finansowana z budżetu państwa. Ponadto, doktorant pobierający stypendium doktoranckie podlega obowiązkowemu ubezpieczeniu emerytalnemu i rentowemu oraz wypadkowemu.

WAŻNE:

Osoba przyjęta do szkoły doktorskiej rozpoczyna kształcenie i nabywa prawa doktoranta z chwilą złożenia ślubowania. Dział Spraw Osobowych zgłasza każdego doktoranta przyjętego do Szkoły do obowiązkowego ubezpieczenia zdrowotnego i społecznego w momencie rozpoczęcia kształcenia. Do tego czasu kandydat – cudzoziemiec zobowiązany jest pokryć indywidualnie koszty ubezpieczenia na czas podróży, leczenia, etc.

Polecamy również
Mechanizmy indukcji uszkodzeń i naprawy DNA w oocytach i komórkach somatycznych ssaków (Supervisor: prof. dr hab. Jerzy Dobrucki)
Mechanizmy indukcji uszkodzeń i naprawy DNA w oocytach i komórkach somatycznych ssaków (Supervisor: prof. dr hab. Jerzy Dobrucki)