W oparciu o §7 ust. 1 i 3 uchwały nr 91/IX/2021 Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego z dnia 29 września 2021 roku w sprawie: zasad rekrutacji do Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych na Uniwersytecie Jagiellońskim w roku akademickim 2022/2023, Dyrektor Szkoły Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych ogłasza konkurs dla jednego doktoranta ze stypendium finansowanym ze środków projektu badawczego na program kształcenia PhD Programme in Biology.
 
W ramach projektu OPUS 21, finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki, zatytułowanego "Transkryptomiczne i metabolomiczne podstawy tolerancji na metale ciężkie w rodzaju Viola", zaakceptowana przez Dyrektora komisja przeprowadzi rekrutację do projektu, która będzie podstawą do przyjęcia wybranego kandydata na program kształcenia PhD Programme in Biology.

Kierownik projektu dr hab. Aneta Słomka, prof. UJ oferuje możliwość zrealizowania doktoratu w temacie:
"Transkryptomiczne i metabolomiczne podstawy tolerancji na metale ciężkie w rodzaju Viola".
Po odbyciu rozmów i ocenie kandydatów, przewodniczący komisji przedstawi dyrektorowi protokół wskazujący kandydata rekomendowanego do przyjęcia do szkoły w ramach projektu badawczego.

Aplikacje przyjmowane są za pośrednictwem systemu IRK

Harmonogram rekrutacji

• Rejestracja kandydatów w IRK:  28.06.2022 – 06.07.2022 r.
• Egzamin: 11.07.2022 r.
• Ogłoszenie wyników: 13.07.2022 r.
• Wpisy: 15.07-18.07.2022 r.

Aplikacje przyjmowane są poprzez system IRK, który zostanie otwarty w dniu 28.06.2022

Szczegółowy opis projektu:

Głównym celem proponowanego projektu jest identyfikacja molekularnych i biochemicznych mechanizmów leżących u podstaw tolerancji na metale ciężkie u gatunków z rodzaju Viola. Badania będą prowadzone na przykładzie Viola tricolor, gatunku reprezentowanego przez dwa genotypy: metaliczny (MET) – rosnący w miejscach zanieczyszczonych metalami ciężkimi oraz niemetaliczny (NMET) – rosnący w miejscach niezanieczyszczonych, różniących się morfologią, genetycznie oraz zdolnością do akumulacji metali ciężkich, w celu wskazania zależnej od genotypu podstawy tolerancji na metale ciężkie. Rodzina Violaceae, w tym rodzaj Viola (fiołki) jest bogaty w metalofity – gatunki występujące na glebach silnie zanieczyszczonych metalami ciężkimi. Gatunki te musiały wykształcić mechanizmy, które czynią je tolerancyjnymi na nadmiar metali ciężkich. Wiele fiołków to rośliny wykluczające metale, co oznacza, że w przeciwieństwie do hiperakumulatorów, zapobiegają przenoszeniu metali ciężkich do nadziemnych części roślin. Podczas gdy molekularne i chemiczne podstawy mechanizmów tolerancji hiperakumulatorów są szeroko badane, zwłaszcza u gatunków z rodziny Brassicaceae, niewiele wiadomo o nie-modelowych roślinach wykluczających metale ciężkie. W związku z tym nasuwają się następujące pytania: 1) jakie mechanizmy molekularne są zaangażowane w wykluczanie metali ciężkich (Zn i Pb) z fiołków, czyniąc je tolerancyjnymi na metale ciężkie? 2) jakie są różnice w poziomie i profilu ekspresji genów między tymi dwoma genotypami (MET vs NMET)? 3) czy niektóre związki chemiczne (metabolity) wytwarzane przez fiołki wyłapują i detoksyfikują metale ciężkie? 4) które tkanki (zwłaszcza korzeni) są szczególnie zaangażowane w wiązanie metali ciężkich i ich detoksykację? Stawiamy hipotezę, że V. tricolor rozwija uniwersalne (produkcja nieenzymatycznych przeciwutleniaczy i  białkowych transporterów metali ciężkich) i/lub specyficzne dla fiołków (np. cyklotydy) mechanizmy tolerancji na Zn i Pb, oba dotychczas nie zbadane. W szczególności zastosowane zostaną następujące techniki i układy doświadczalne: (Zadanie 1) traktowanie roślin metalami ciężkimi (Zn i Pb w stężeniu ≤ 1000 ppm) w warunkach doświadczalnych; (Zadanie 2) pomiar zawartości metali ciężkich w korzeniach i liściach metodą absorpcyjnej spektrometrii atomowej (AAS); (Zadanie 3) profilowanie transkryptomu (RNA-seq) w celu określenia odpowiedzi roślin na metale ciężkie na poziomie ekspresji genów; (Zadanie 4 - 6) zastosowanie różnych technik spektrometrii mas i chromatografii (MALDI-MSI – obrazowanie tkanek metodą spektrometrii mas); LC-MS – spektrometria mas z chromatografią cieczową; LC-MS/MS – tandem MS) do profilowania metabolomicznego i wyłonienia związków zaangażowanych w odpowiedź na metale ciężkie na poziomie organów i tkanek roślin, a także do wskazania związków wiążących i detoksykujących metale ciężkie.

Profil kandydata

• posiada lub najpóźniej w dniu wpisu do szkoły doktorskiej będzie posiadał tytuł magistra nauk przyrodniczych,
• posiada wiedzę ogólną z biologii komórki, biochemii oraz ekotoksykologii roślin,
• posiada wiedzę teoretyczną i praktyczną z zakresu roślinnych kultur in vitro,

• Doświadczenie w analizie mikroskopowej (cytologia i histologia roślin);
• Umiejętność posługiwania się podstawowymi programami komputerowymi do celów analiz statystycznych;
• Dobra znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie (przynajmniej poziom B2).